Der Wallstein Verlag wurde 1986 von Thedel v. Wallmoden gemeinsam mit Dirk und Frank Steinhoff gegründet. Nach ersten Erfolgen durch den Einsatz von innovativer Computertechnologie für Satz und Gestaltung von Büchern startete Wallstein sein Buchprogramm mit »Mein scharmantes Geldmännchen« (1988), dem Briefwechsel zwischen Gottfried August Bürger und seinem Verleger Johann Christian Dieterich.

Nachdem 1992 die Brüder Steinhoff den Verlag verlassen hatten, trat Markus Ciupke als Gesellschafter in die GmbH ein. 2004 übernahm Thorsten Ahrend weitere Geschäftsanteile und ist seitdem für das belletristische Programm im Wallstein Verlag verantwortlich. Seit 2013 ist Nikola Medenwald Mitglied der Geschäftsleitung. Zur Zeit beschäftigt der Verlag 28 feste Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter, die ca. 180 Neuerscheinungen pro Jahr begleiten.

2018 wurde der Verlag Konstanz University Press – KUP – als Imprint übernommen und bildet unter der Leitung von Bernd Stiegler und Alexander Schmitz eine wichtige Erweiterung und programmatisch innovative Ergänzung des geisteswissenschaftlichen Programms. Bei KUP erscheinen auch Übersetzungen bedeutender internationaler Autorinnen und Autoren wie Judith Butler, Georges Didi-Huberman und Franco Moretti.

Seit Januar 2024 wird der 1994 gegründete Weidle Verlag als Imprint des Wallstein Verlags fortgeführt. Ein wichtiges Anliegen des Verlags ist es weiterhin, die Geschichten von Krieg, Flucht und Migration in der Literatur abzubilden und Texte aus dem deutsch-jüdischen Exil einem größeren Publikum zugänglich zu machen. Im Feld der internationalen Gegenwartsliteratur kümmert sich der Weidle Verlag vor allem um kleinere Sprachen. So erscheinen Romane aus dem Georgischen, Isländischen, Norwegischen, Niederländischen, Finnischen und zuletzt Albanischen. 

Zahlreiche Autorinnen und Autoren des Wallstein Verlags wurden für ihr Gesamtwerk mit Preisen geehrt. Besonders bedeutsam war die Verleihung des Georg-Büchner-Preises an Lukas Bärfuss 2019. Seine Dankesrede »es ist zwischen uns« wurde in den Medien stark wahrgenommen.