Nachdem 1992 die Brüder Steinhoff den Verlag verlassen hatten, trat Markus Ciupke als Gesellschafter in die GmbH ein. 2004 übernahm Thorsten Ahrend weitere Geschäftsanteile und ist seitdem für das belletristische Programm im Wallstein Verlag verantwortlich. Seit 2013 ist Nikola Medenwald Mitglied der Geschäftsleitung. Zur Zeit beschäftigt der Verlag 28 feste Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter, die ca. 180 Neuerscheinungen pro Jahr begleiten.

Seit Januar 2024 wird der 1994 gegründete Weidle Verlag als Imprint des Wallstein Verlags fortgeführt. Ein wichtiges Anliegen des Verlags ist es weiterhin, die Geschichten von Krieg, Flucht und Migration in der Literatur abzubilden und Texte aus dem deutsch-jüdischen Exil einem größeren Publikum zugänglich zu machen. Im Feld der internationalen Gegenwartsliteratur kümmert sich der Weidle Verlag vor allem um kleinere Sprachen. So erscheinen Romane aus dem Georgischen, Isländischen, Norwegischen, Niederländischen, Finnischen und zuletzt Albanischen.

Zahlreiche Autorinnen und Autoren des Wallstein Verlags wurden für ihr Gesamtwerk mit Preisen geehrt. Besonders bedeutsam war die Verleihung des Georg-Büchner-Preises an Lukas Bärfuss 2019. Seine Dankesrede »es ist zwischen uns« wurde in den Medien stark wahrgenommen.

Wallstein setzt seine Programmschwerpunkte in den Geisteswissenschaften und der Belletristik. Nachdem anfänglich der thematische Fokus noch vorwiegend auf der Literatur- und Ideengeschichte des 18. Jahrhunderts lag, hat sich der Verlag über die Jahre mit Veröffentlichungen aus einem breiten wissenschaftlichen Spektrum einen Namen gemacht.

Die wichtigste Programmsparte ist heute neben der Literaturwissenschaft die Geschichtswissenschaft mit einem Schwerpunkt in der Zeitgeschichte, der Erforschung des Nationalsozialismus mit besonderem Augenmerk auf dem Völkermord an den europäischen Juden und der Geschichte des Antisemitismus. Inzwischen wurde das geschichtswissenschaftliche Programm auch um Publikationen und Quelleneditionen zum Mittelalter und zur Frühen Neuzeit erweitert.

Für alle Bücher aus Wissenschaft und Belletristik gilt, dass der Wallstein Verlag anspruchsvolle Bücher auch ansprechend gestaltet und sie sorgfältig drucken und verarbeiten lässt. Es ist erklärtes Ziel des Verlags, durch eine attraktive Preisgestaltung nicht nur Bibliotheken, sondern besonders auch interessierte Leser als Käufer anzusprechen. Seit Herbst 2013 erscheint die Reihe »Ästhetik des Buches«, in der sich Fachleute aus verschiedenen Disziplinen den einzigartigen Qualitäten des Mediums widmen.

2023 wurde der Verlag erneut mit dem Deutschen Verlagspreis ausgezeichnet.